Pagrindinės Debesnų pelkės ir jose esančių gamtinių vertybių išsaugojimo problemos yra susijusios su tradicinio naudojimo (šienavimo ir ganymo) sumažėjimu, o taip pat, tikėtina, hidrologinių sąlygų pokyčiais. Kai kur lokalų neigiamą poveikį turi ir su melioracinių griovių vandenimis plukdomos maistmedžiagės (azotas ir fosforas). Dėl išvardintų priežasčių pelkė sausėja, užauga medžiais bei krūmais. Keičiantis buveinėms mažėja atviroms pelkėms ir pievoms būdingų rūšių, kurios dėl panašių tendencijų tapo retos visoje Europoje. Siekiant jas išsaugoti būtina sugrąžinti tradicinį naudojimą, spręsti hidrologinių sąlygų pagerinimo klausimus, mažinti pritekančią taršą.

Debesnų pelkė - viena iš nedaugelio Žemaitijoje išlikusių didesnių pelkių su natūralia kalkingoms žemapelkėms ir tarpinėms pelkėms būdinga augalija ir gyvūnija.

Pelkėje išskirtos 5 Europos Bendrijos svarbos buveinės:

6270* Rūšių turtingos ganyklos ir ganomos pievos, išsidėsčiusios šiaurrytiniame Debesnų pelkės pakraštyje. Ši teritorija nuo seno buvo bendruomenės ganykla. Deja joje besiganančių galvijų skaičius sparčiai mažėja. Buveinė ribojasi su Varniais. Nuo miestelio ganykla atitverta tvora, o likusioje dalyje, kaip natūralus aptvaras gyvuliams yra per pelkę tekanti Varnelės upė. Debesnų pelkės vidurio link buveinė pereina į 7140 Tarpinių pelkių ir liūnų buveines ir sudaro vientisą kompleksą (ganyklą).

6410 Melvenynų buveinės nedideli plotai išskirti Debesnų pelkės šiauriniame pakraštyje.

6510 Šienaujamos mezofitų pievos išsidėsčiusios Debesnų pelkės šiauriniame ir pietiniame pakraščiuose, neužima didelio ploto ir sudaro mozaiką su įsėtomis šienaujamomis pievomis.

7140 Tarpinių pelkių ir liūnų buveinės užima didžiausius plotus. Jos dominuoja rytinėje Debesnų pelkės plynėje. Šiaurinėje plynėje sudaro bendrus komplesus su 7230 Šarmingų žemapelkių buveinėmis, o vakarinėje – dar ir su 6410 Melvenynų fragmentais.

Debesnų pelkėje rasta 15 į saugomų rūšių sąrašą įrašytų augalų. Čia itin gausi liekninio beržo populiacija, aptinkamas sibirinis vilkdalgis, paprastoji tuklė, raktažolė pelenėlė, bet labiausiai dėmesį patraukia orchidinių augalų rūšys, tokios kaip žalioji plateivė, žalsvažiedė blandis, vyriškoji gegužraibė, raudonoji, baltijinė, dėmėtoji, gelsvoji, siauralapė gegūnės, dvilapis purvuolis, pelkinė lanksva.

Debesnose aptinkamos saugomų gyvūnų rūšys : ūdra, didysis baublys, tetervinas, putpelė, pilkoji gervė. Anksčiau pelkėje perėdavo didžioji kuolinga, tačiau paskutiniais metais apie šio būdingo didelių pelkių paukščio perėjimą duomenų nėra. Debesnose tinkamas buveines suranda ir retieji drugiai, tokie kaip pievinis satyriukas ir auksuotoji šaškytė. Pastarasis drugys sparčiai nyksta visoje Europos Sąjungoje, todėl įrašytas į Buveinių direktyvos saugomų rūšių sąrašą.

Projekto metu numatoma bendradarbiaujant su ūkininkais palaikyti atviras pelkių bei šlapių pievų buveines. Bendradarbiavimas bus užtikrintas projekto lėšomis įsigyjant galvijų bandą ir pelkės šienavimui tinkamą vienaašę mini-techniką, kurie pagal panaudos sutartį bus suteikiami ūkininkui (-ams) vertingų atvirų buveinių palaikymui. Tokiu būdu bus siekiama pirmais metai užtikrinti 65-75 ha Debesnų pelkės atvirų buveinių priežiūrą, o vėliau kasmet prižiūrimus plotus plėsti. Ilgalaikėje perspektyvoje pagal aplinkosauginikų parinktą naudojimo intensyvumą turėtų būti prižiūrima visa pelkė, o ekonominį priežiūros mechanizmą užtikrintų dalyvavimas Kaimo plėtros programos priemonės "Agrarinės aplinkosaugos išmokos" programoje "Kraštovaizdžio tvarkymas".